يُستخدم المنظار في فحص وتشخيص بعض الأمراض، من شكاوى المرضى التي يمكن فحصها بواسطة منظار الجهاز الهضمي:

• آلام المعدة المستمرة.
• عسر الهضم.
• حرقة المعدة.
• صعوبة البلع، أو وجود ألم أثناء البلع.
• حالات أنيميا نقص الحديد الناتجة عن النزيف الداخلي.
• النزيف الشديد المصحوب بألم البطن وتقيؤ قطرات من الدم.

كما يمكن كذلك الاعتماد عليه في تشخيص الأمراض الآتية:

• قرح المعدة الموجودة على جدار المعدة وبداية الأمعاء الدقيقة.
• حالات ارتجاع المعدي.
• أمراض الالتهابات الهضمية والتحسس من الجلوتين.
• وجود خلايا غير طبيعية في بطانة المريء في ما يعرف بـ مريء باريت.
• وجود دوالي في المعدة والمريء نتيجة ارتفاع ضغط الدم الكبدي.
• أورام المعدة والأمعاء.